Per proteggere il mare di Lampedusa è stata istituita nel 2003 (vedi sito istituzionale Ministero Ambiente) la Riserva Marina che, insieme alla Riserva Naturale, vuole assicurare la conservazione del patrimonio marino e ambientale, impedendo qualsiasi abuso da parte dei turisti.

Nelle zone protette della riserva sono stabiliti rigidi comportamenti da osservare al fine di assicurare il minor impatto possibile sull'ambiente circostante. Il divieto principale è ovviamente rappresentato della pesca e dalla navigazione nelle zone della riserva.